3부 줄거리
프레멘의 구세주인 폴 아트레이드가 프레멘의 법도에 따라 사막으로 사라져 간 지 10여 년의 세월이 흘렀다. 폴의 여동생 엘리아는 섭정에 올라서 제국과 우주를 통치한다. 폴의 두 아이들인 레토2세와 가니마는 태어날 때부터 고스란히 아버지뿐만 아니라 조상의 경험과 인자까지 물려받았다. 그들은 어린아이들이었지만 마음속에 있는 것은 수세대의 아트레이드 가문의 경험을 모아놓은 것이었다. 이 아이들은 자신들이 물려받은 예지 능력으로 자신들에게 새로운 무언가가 다가오고 있다는 것을 느낀다. 한편 폴이 황제에 오른 뒤에 모행성 칼라단으로 돌아갔던 폴의 어머니 레이디 제시카와 거니 할렉은 베네 게세리트의 부탁과 엘리아에 대한 수상한 정보를 듣게 됨에 따라서 다시 아라키스 행성으로 돌아온다. 돌아올 때부터 그녀는 엘리아가 변했고 자신의 목숨을 노리고 있다는 사실을 깨닫는다. 엘리아는 그녀의 어머니 제시카가 임신중에 마셨던 스파이스 성수의 영향으로 점차 수많은 영혼들에게 굴복당하고 마침내 과거에 죽은 하코넨 남작의 환영에 사로잡히고 만다. 그녀는 스파이스를 점점 과다 섭취하면서 예지력을 잃어가고 폴의 두 아이에게 스파이스를 먹여서 대신 자신의 미래를 얻고자 한다. 한편 살루사 세쿤더스 행성으로 쫓겨난 코리노 가문에서는 맹수를 훈련시켜 가니마와 레토2세를 암살하고 다시 황제의 제위를 되찾으려는 음모가 진행된다. 그리고 녹음 지대로 바뀐 아라키스 행성은 생태계의 균형을 잃어간다. 인위적으로 모래 행성을 바꾸고자 하는 인간의 시도에 대한 부작용이 나타나는 것이다. 이런 상황 속에서 눈먼 설교자가 나타나 사회는 더욱 혼란스러워지고 그가 폴 무앗딥이라는 소문이 떠돈다. 결국 레토2세와 가니마는 자신들이 꿈꾼 내용에 따라 자신의 운명이 향하는 길로 가기로 하고 이를 실행에 옮긴다. 그들은 예지를 통해 자신을 암살하러 오리라 이미 알고 있던 두 마리의 맹수를 처치한 뒤에, 가니마는 스스로 최면을 걸어 레토2세가 죽었다고 생각하게 된다. 그리고 레토2세는 꿈에서 본 황금의 길을 찾아 떠난다. 가니마로부터 레토 2세가 죽었다는 말을 들은 엘리아는 다른 영혼에게 지배당하고 있는 자신을 숨기고자 애쓰며 가니마를 프라든과 결혼시키고자 한다. 레이디 제시카는 자신을 암살하려는 엘리아를 피해 페다이킨의 은신처로 피한다. 그리고 거니 할렉을 파견하여 레토2세도 역시 엘리아처럼 다른 영혼에게 지배당하고 있는지 시험한다. 그리고 그녀는 도중에 던컨에게 납치당한다. 던컨은 그녀에게 살루사 세쿤더스 행성에 가면 재미있는 일을 겪게 될 것이라는 예언자의 말만 전해 줄 뿐이었다. 그리고 그녀는 살루사 세쿤더스 행성으로 가서 프라든의 스승이 된다. 거니 할렉의 시험을 받던 레토2세는 다른 곳으로 탈출하지만 거기서도 다시 붙잡히고 만다. 하지만 레토2세는 모래 송어와 결합함에 따라 새로운 인간으로 변한다. 그로 인해 엄청난 힘과 예지를 갖게 된 레토2세는 결국 설교자를 찾아내고 그 사람이 바로 자신의 아버지 폴임을 알게 된다. 폴은 레토를 말리려고 하지만 결국 운명을 따른다. 둘은 다시 제국의 궁전으로 찾아간다. 레토는 다시 제위를 되찾고 가니마에게 걸린 최면을 풀어준다. 그리고 엘리아는 자신을 지배하고 있는 하코넨의 저주에서 벗어나고자 자살을 택한다. 그리고 레토2세는 우주의 왕좌에 오른다.